Pfam数据库有什么用

这篇文章将为大家详细讲解有关Pfam数据库有什么用，小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。

成都创新互联公司专注于大兴网站建设服务及定制，我们拥有丰富的企业做网站经验。 热诚为您提供大兴营销型网站建设，大兴网站制作、大兴网页设计、大兴网站官网定制、微信小程序开发服务，打造大兴网络公司原创品牌,更为您提供大兴网站排名全网营销落地服务。

在蛋白质分子中，包含多个结构特异并且功能区里的区域，这些区域称之为domain， domain 可以看做蛋白质功能的基本单位，蛋白质的功能由包含的多个domain共同决定。研究domain, 可以更好的研究蛋白质功能。

Pfam是蛋白质家族的数据库，根据多序列比对结果和隐马尔可夫模型，将蛋白质分为不同的家族。网址如下

http://pfam.xfam.org/

在该数据库中，提供了以下2个不同层级蛋白质家族信息。

1. family

每个family以PF编号唯一标识，示意如下

所有的family可以分为以下6种类型

1. Family
   A collection of related protein regions

2. Domain
   A structural unit

3. Repeat
   A short unit which is unstable in isolation but forms a stable structure when multiple copies are present

4. Motifs
   A short unit found outside globular domains

5. Coiled-Coil
   Regions that predominantly contain coiled-coil motifs, regions that typically contain alpha-helices that are coiled together in bundles of 2-7.

6. Disordered
   Regions that are conserved, yet are either shown or predicted to contain bias sequence composition and/or are intrinsically disordered (non-globular).

2. clan

对多个family进行相似性分析，将具有相似的三维结构或者相同motif的family归为一个clan, 可以看做是superfamily的概念，每个clan以CL编号标识，示意如下

除此以外，还提供了物种的蛋白质组信息，就是该物种内所有的蛋白质family 信息，示意如下

以human为例，其蛋白质组的信息如下

其实就是该物种的所有蛋白质对应的Pfam的集合。

该数据库最新版本为31.0, 于2017年3月更新，包含16712个蛋白质家族信息。ftp地址如下

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam31.0/

后缀为hmm的文件是由HMMER3构建的隐马可夫模型，可用于序列比对。

关于“Pfam数据库有什么用”这篇文章就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，使各位可以学到更多知识，如果觉得文章不错，请把它分享出去让更多的人看到。