miRcode数据库有什么用

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TargetScan是一款预测miRNA结合位点的软件，对于哺乳动物中miRNA结合位点预测的效果非常好。为了更加方便的进行miRNA的研究，针对人类中的miRNA, miRcode的开发者预测了miRNA与多种类型的RNA的相互作用，比如mRNA, lncRNA等，并将结果整理成了数据库，方便大家的使用与学习，网址如下

http://www.mircode.org/index.php

基于hg19版本的基因组, 转录本注释来源于Gencode v11版本，并将转录本划分成了不同类别，示意如下

Intergenic lncRNA表示和蛋白编码基因区间没有重叠的lncRNA, Overlapping表示和蛋白编码基因区间有重叠的lncRNA；other代表tRNA，snoRNA等类型的RNA。

在预测miRNA结合位点时，采用的是TargetScan v6定义的miRNA family, 同一个family下的miRNA具有相同的结合位点类型，示意如下

对于预测到的miRNA结合位点所在区域，也提供了相关的注释，首先根据46个脊椎动物的比较基因组学结果，定义了结合位点在不同物种间的保守性，并划分了不同类别；其次提供了结合位点在转录本上的分布信息，将转录本划分成了3’UTR, CDS, 5’UTR等区域；最后根据结合位点附近是否有重复元件，提供了repeat相关的注释。

通过检索功能可以方便的检索数据库中的信息，检索框如下所示

可以根据基因类别，结合位点保守性以及在转录本上的分布对结果进行过滤和筛选，检索结果示意如下

随着Gencode, targetscan等数据库的不断更新，目前看来，该数据库中的内容显得过于老旧，但是其分析的思路仍然值得借鉴。

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