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CIRCpedia是一个综合性的环状RNA数据库,采用CIRCexplorer软件分析了来自6个物种约180多个样本的转录组数据,识别到了262782个环状RNA,网址如下
http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/
各个物种环状RNA的数据量汇总如下
表格数据对应的环形图示意如下
可以看到,绝大部分还是人和小鼠的环状RNA,对于这两个物种的环状RNA,提供了保守性分析的结果。通过官网的4大功能,我们可以方便的探究不同物种的环状RNA数据,分析在不同组织和样本中的表达量信息。
可以通过物种,细胞系,基因名称或者基因组位置,circpedia中的环状RNA ID进行检索,检索框示意如下
检索结果示意如下
给出了环状RNA ID,来源基因,对应的线性转录本,表达量,外显子的起始和终止位置,细胞系,保守性等信息。
通过JBowse基因组浏览器查看相关数据,示意如下
可以方便的下载数据库中的信息,示意如下
可以用热图或者散点图的形式展现环状RNA在不同组织或者细胞系中的表达量,示意如下
第一步输入环状RNA ID, 第二步选择物种,第三步选择细胞系,可以多选,第四步选择图表类型,然后点击Draw
按钮,在右边的面板会显示对应的结果。
通过该数据库的在线工具,可以方便的探究不同物种的环状RNA和不同细胞系中环状RNA的表达量。
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