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代码library(circlize)
library(RColorBrewer)
col<-RColorBrewer::brewer.pal(6,"Paired")
df<-data.frame(chr=sample(c(paste0("chr",1:6)),1000,replace = T),
x=rnorm(1000),
y=rnorm(1000))
head(df)
circos.initialize(factors = df$chr,x=df$x)
circos.trackPlotRegion(factors = df$chr,y=df$y,
panel.fun = function(x,y){
circos.axis()
})
for(i in 1:6){
highlight.sector(sector.index = paste0("chr",i),col=col[i])
circos.text(CELL_META$xcenter, CELL_META$ycenter,
labels = paste0("chr",i),sector.index = paste0("chr",i))
}
circos.trackHist(df$chr,df$x,col=col)
circos.link("chr1",0,"chr2",0)
circos.link("chr4",c(-2,0),"chr3",c(-2,2),col="blue")
circos.link("chr4", c(0, 2), "chr6", c(-2, 0), col = "orange")
circos.link("chr5", c(0, 2), "chr1", c(-2, 2), col = "lightgrey")
circos.clear()
这里遇到一个问题是
circos.trackPoints(df$chr,df$x,df$y,pch=16,cex=0.5,col=col)
circos.trackHist(df$chr,df$x,col=col)
为什么circos.trackPoints(df$chr,df$x,df$y,pch=16,cex=0.5,col=col)没有新创建一圈呢？
第二个问题是：
circos.text()函数的两个参数
CELL_META$xcenter
CELL_META$ycenter
是哪里来的呀？如果我想把文本放在每个单元格的中间是固定用这两个参数就可以吗？
另外的参数
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当前题目：R语言怎么实现circlize包画圈图
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