从品牌网站建设到网络营销策划,从策略到执行的一站式服务
这篇文章主要讲解了“如何使用seqLogo可视化motif”,文中的讲解内容简单清晰,易于学习与理解,下面请大家跟着小编的思路慢慢深入,一起来研究和学习“如何使用seqLogo可视化motif”吧!
目前创新互联已为上1000家的企业提供了网站建设、域名、网络空间、成都网站托管、企业网站设计、克东网站维护等服务,公司将坚持客户导向、应用为本的策略,正道将秉承"和谐、参与、激情"的文化,与客户和合作伙伴齐心协力一起成长,共同发展。
seqLogo是一个bioconductor上的R包,专门用于DNA序列的motif可视化,网址如下
https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/seqLogo.html
因为功能的单一性,所以其用法也特别的简单,只需要输入motif对应的PPM矩阵就可以了,下面通过一个实际例子来看下
上图为一个motif的PFM矩阵,只需要通过以下几个步骤就可以得到对应的sequence logo。
将PFM矩阵保存在一个文件pfm.txt
中,内容如下
注意PFM矩阵中规定碱基顺序为ACGT
, 不能任意调换碱基的顺序。通过R语言来读取,代码如下
data <- read.table("pfm.txt", header = F, sep = "\t", row.names = 1)
PPM矩阵就是将PFM矩阵中的频数转化成频率,除以每列的总和就可以了, 代码如下
ppm <- sapply(1:ncol(data), function(t){ data[[t]] / sum(data[[t]]) })
ppm
的内容如下
因为行的顺序统一为ACGT
, 所以我们不需要设置行名称。
基本用法如下
p <- makePWM(ppm)
seqLogo(p)
输出结果示意如下
相比其他工具,这个R包的功能较为单一,存在无法调整配色方案等问题,但是作为一个可视化工具,其足够简单,已经能满足基本要求。
感谢各位的阅读,以上就是“如何使用seqLogo可视化motif”的内容了,经过本文的学习后,相信大家对如何使用seqLogo可视化motif这一问题有了更深刻的体会,具体使用情况还需要大家实践验证。这里是创新互联,小编将为大家推送更多相关知识点的文章,欢迎关注!
成都网站建设公司地址:成都市青羊区太升南路288号锦天国际A座10层 建设咨询028-86922220
成都快上网科技有限公司-四川网站建设设计公司 | 蜀ICP备19037934号 Copyright 2020,ALL Rights Reserved cdkjz.cn | 成都网站建设 | © Copyright 2020版权所有.
专家团队为您提供成都网站建设,成都网站设计,成都品牌网站设计,成都营销型网站制作等服务,成都建网站就找快上网! | 成都网站建设哪家好? | 网站建设地图