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数据库文件下载链接
http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog.db.gz http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog_proteins.dmnd.gz
将数据库文件下载到data文件夹下
这次使用wget命令成功下载,试着运行软件自带数据成功
python emapper.py -i test/test_queries.fa --output out -m diamond --cpu 8
这个软件是python2版本的,使用之前我先创建了一个python2的虚拟环境
conda create -n emapper python=2.7
conda activate emapper
以上是使用diamond做注释,这个软件还可以使用hmmer做注释,印象里好像还得配置hmmer的数据库。而且这个数据库文件非常大,而且数据库文件有好几个,这里我先不尝试了。
同时这个软件还有一个在线版 http://eggnogdb.embl.de/#/app/emapper
在线版运行也很快,我之前试过两万多条蛋白序列,基本上一个晚上就能得到结果
软件的详细介绍
https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/83144768
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