这是bash的一个功能(一般都用这个shell)。bash会记录下你下达的指令(最多一千个,默认,可以修改为你需要的数目),以便你重复使用。你可以用history来查询这些命令。查询的结果,每个指令前会有一个数字,你可以用!+数字来执行相应的命令,或者用上下箭头在这些命令中导航选择你需要的命令。
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在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令:
通过多敲键盘,形成手感 肌肉记忆 ,熟练掌握这些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍(主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记)
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来:
参数的用法介绍:
注意事项:
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 编辑文本 ,编辑文本要加 符号,退出时,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件,tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默认 10 行 (在R语言里head和tail默认是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q键
less命令重要的补充用法2 :
参数用法:
less命令 不加参数 查看文件:
less命令加 -N参数 查看文件:显示行号
less命令加 -S参数 查看文件:单行显示,非常规整
对比:less和cat命令显示文本行号的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看,按空格翻页,按回车换行 ,more命令一般很少用,熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去,但是别的命令不一定会把换行符算进去,。
常见参数:
切记:用less命令,按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前:
排列后:
解释:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时,因为制表符对齐的原因,出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样,所以 加上-n参数 , 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重,只有两行出现重复,而且是相邻的两行,如果不相邻,即使出现两行一模一样,不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之,uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯,原始数据不要轻易修改,修改的东西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上,将空格替换成制表符
补充小知识 :
清屏 :control L
查看历史(输入过的)命令 :history
cd命令,ls命令,grep命令,find命令,cp命令,mv命令,rm命令。
介绍:
Linux操作系统是基于UNIX操作系统发展而来的一种克隆系统,它诞生于1991 年的 [Linux桌面] 10 月5 日。以后借助于Internet网络,并通过全世界各地计算机爱好者的共同努力,已成为今天世界上使用最多的一种UNIX 类操作系统,并且使用人数还在迅猛增长。
诞生过程:
Linux 操作系统的诞生、发展和成长过程始终依赖着五个重要支柱:UNIX 操作系统、MINIX 操作系统、GNU 计划、POSIX 标准和Internet 网络。1981 年IBM公司推出微型计算机IBM PC。
拓展:
Linux以它的高效性和灵活性著称,Linux模块化的设计结构,使得它既能在价格昂贵的工作站上运行,也能够在廉价的PC机上实现全部的Unix特性,具有多任务、多用户的能力。Linux是在GNU公共许可权限下免费获得的,是一个符合POSIX标准的操作系统。Linux操作系统软件包不仅包括完整的Linux操作系统,而且还包括了文本编辑器、高级语言编译器等应用软件。它还包括带有多个窗口管理器的X-Windows图形用户界面。