关于linux启动jmc命令的信息

如何在centos 5.8安装网卡JMicron JMC250驱动？

使用驱动精灵检测一下,并下载修复就可以了.

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祝你好运，希望你能采纳

如何准备pdbq和pdbqs文件

这里，mol2topdbqs是为受体转化为pdbqs文件。一般来说，mol2是比较通用的文件格式。不过，由于autodock需要考虑受体的溶剂化效应，所以在autodock中用于对接的小分子需要pdbq与pdbqs格式。在autodock中有个程序为mol2topdbqs，可以直接转化mol2文件为pdbqs文件。

在不同运行平台，由于awk的版本不同，运行略有不同。

比如，在sgi irix中，直接使用mol2topdbqs命令就可以。这个其实是由两个命令构成的：

％mol2topdbq macro.mol2 macro.pdbq

%addsol macro.pdbq macro.pdbqs

但是在linux中，这个命令提示出错。不过，这个命令分解为两个命令就可以：

$mol2fftopdbq macro.mol2 macro.pdbq

$addsol macro.pdbq macro.pdbqs

对于小分子配体文件，要用deftors命令。

用法

$deftors lig.mol2

会提示定义环，选1－c－c就可以了。

这是针对单个配体文件来说的，如果对于数据库中的多个小分子，就需要编写循环脚本批量操作了。

nci-3d中有已经准备好的pdbq格式的小分子，可以直接用于autodock的对接。我想你可以参考他们的批量转化方法。

在autodock运行中，最占时间的是格点（grid）参数的计算。而每个小分子与受体作用的格点参数都是不同的。在JMC的两篇文章中(J Med Chem. 2005, 48: 2308-2318；J Med Chem. 2006, 49: 2417-2430)，同一个课题组发表了两篇文章，主要是以P450酶为靶点，对autodock的源代码进行修改，使不同原子类型的格点参数计算一次完成，然后，不同的小分子可以随时调用计算好的格点参数用于对接。这样就解决了虚拟筛选中每个分子重复计算格点参数的速度问题。

在最近的一篇文章中（proteins,200665:549-554)，一个韩国课题组发表文章，利用autodock进行虚拟筛选，文章没有对格点计算方法进行详述，不过据我推想，他们应该也采用了jmc两篇文章的方法。

jmc文章作者修改后的autodock源代码可以通过发邮件联系得到。同时，他们还通过修改源代码，实现了将水分子中氧上的氢键接受作用考虑在分子对接中（在原代码中，只能考虑水分子的氢键供体作用）。

上海药物所曾经在论坛中发过一段脚本，通过循环来利用autodock进行虚拟筛选。这个极有参考意义。不过脚本中需要对数据库中的每个小分子都计算格点能，这可能会使虚拟筛选时间大大延长。

腾讯牛逼！终于开源了自家的 JDK——Kona

是的，继阿里 2019/03 开源基于 OpenJDK 的长期支持版本 Alibaba Dragonwell 之后，腾讯也发布了自家的开源免费的 JDK 版本—— Tencent Kona ，必须替小马哥宣传一波。

看了下 Github 腾讯开源版 JDK 的发布记录：

最早是在 2019/11/04 这天发布的 Tencent Kona v8.0.0 版本，没错，最近栈长村里通网了，最近才知道腾讯自家版 JDK 这个东东，不办法，我是村网通，我为我自己带盐。

Tencent Kona 是腾讯开源的、免费的、基于 OpenJDK 的发行版本，并且受腾讯长期支持（LTS）和季度更新，目前由腾讯专业的 JVM 技术团队进行维护和开发。

开源地址：

在腾讯内部，Kona 就是默认使用的 JDK，主要应用于腾讯云业务场景及其他 Java 应用场景，并且针对超大规模的大数据、机器学习和云计算进行了深度优化。

另外，Kona 还为那些想用 OpenJDK 的客户和合作伙伴提供一个基于 OpenJDK 的构建、长期维护支持的腾讯版 OpenJDK 版本。

为什么是 Tencent Kona 8？

因为腾讯 Kona-8 是基于 OpenJDK 8 开发的，所以叫 Kona-8，8 这个数字是跟 OpenJDK 的版本走的。

Tencent Kona 当前只支持 Linux/x86_64 平台，现在绝大部分企业系统应用都运行在这个平台，不是面向基础用户，所以没有必要再开发 Windows 这种没有意义的多余的维护成本。

腾讯 Kona 基于 OpenJDK 提供了许多的扩展功能及维护特性，通过腾讯 Kona 可以获得更为先进的功能及性能优化，进而提高用户和开发者的使用体验。

Tencent Kona 8 主要支持以下两个特性:

这个特性用于提高 JVM 的启动速度， 默认为打开状态，可以通过以下命令启动打开/关闭该特性：

这个特性用于采集 Java 应用程序的诊断信息，默认为关闭状态。

启动的时候可以通过以下命令启用 JFR ：

应用程序运行时，使用以下命令采集 JFR 数据：

使用以下命令停止 JFR 采集数据:

JFR 数据处理可以使用 java mission control (jmc) 7.0以上版本打开*.jfr文件，更多可以参考 Oracle 的 JFR 官方文档。

下载最新的腾讯 Kona 二进制文件，地址：

和官方命令一样用 java -version 查看版本:

Oracle JDK 的收费，从网上就可以看到很多用户抱怨不止，毕竟 Oracle JDK 收费版的支持维护费用不是一般企业和个人能负担得起的，很多企业和个人开发者也从而转向其他的免费开源 JDK 版本。

大厂一方面是有钱、有精力、有技术实力，另一方面 Oracle JDK 也不一定符合咱们互联网大厂的性能要求，如果把收费的钱用来搞自研，不用受制于人，不是更香？所以，为什么大厂都搞定制 JDK 也就不奇怪了。

可以看到的趋势，未来将会有越来越多的企业和 Java 开发者进而放弃 Oracle JDK，转而使用 OpenJDK 或者其他开源 复本 ，又或者基于 OpenJDK 进行自家定制，当然这得有技术实力、有钱的大厂才行。

随着各大厂都推出自家的 JDK，Oracle JDK 的收费之路还能走多远？

最后，你们用的哪个 JDK 版本呢？欢迎留言讨论分享

如果有帮助，点个在看鼓励一下哦！也欢迎分享转发给更多有需要的朋友

jdk的配置

JDK 安装

Java实际上分为三个版本：

J2ME：Java 2 Micro Edition，适用于移动端的微型版本，曾广泛应用于机顶盒、车载系统、移动数字电话、个人数字助理（PDA）以及一系列嵌入式设备中，和大家接触最多的便是前几年的手机上搭载的J2SE环境，它几乎支撑了智能手机游戏的半边天。

J2SE：Java 2 Standrad Edition，Java标准版本，只包含基础的Java类库，适用于在桌面端构建Java程序。它是J2ME和J2EE的基础。

J2EE：Java 2 Enterprise Edition，Java企业版本，包含很多企业级特性，适用于简化企业开发的版本，包含一系列特性，如EJB、JAXB、JDBC API、CORBA、Servlet、JSP等等，实际上我们今天使用的JDK名义上是J2SE，但实际上他已经混入了J2EE的很多特性，算得上是J2EE版本了。

PS：Java在1.2版本之后统称为Java 2。当然，在当下“Java”这种叫法已经是熟路的叫法了。

我们在开发中一般安装的是J2SE，若需要J2EE的一些特性我们一般是通过Maven去关联支持类库的。

JRE和JDK的区别

JRE是Java运行环境，只包含了Java程序运行时所需要的一系列类库（Binary），他可以被精简至更小。JDK则是Java开发包，除了包含一整套JRE还包含有一些列为开发者提供的工具（命令行工具和GUI工具）用于管理Java程序（jjs、jmc、jps、jvisualvm、jstatck、jhat、jdoc等等一系列工具），还包含大部分内置类库的源码（包括Native方法的源码）。

开始安装

1、下载安装包

在Oracle官网找到你想要下载的安装包，由于2019年后java会开始收费，故我们只能使用java 8 固定版本。详细参见 00.关于Java开始收费的说明，因此我们只选择jdk1.8.0_181.rar之前的版本，并且只选择小版本号为奇数（如8u191）的安装包。

离线window x64的JDK压缩包

2、安装

linux和windows都可以下载安装版和压缩包，安装过程略过。个人推荐压缩包，下载后解压即可。

3、配置环境变量

Windows

在Windows上需要配置的环境变量为JAVA_HOME、Path和Classpath（Classpath在Java1.5之后可以不设置）

JAVA_HOME: 全路径，指向你的JDK目录，注意，一定是jdkXXX这种目录

Path: .;%JAVA_HOME%\lib\dt.jar;%JAVA_HOME%\lib\tools.jar;%JAVA_HOME%\bin; (不要忘了前面的小点)

Linux

在Linux下配置环境变量需要注意，你需要根据你的实际情况选择是配置全局的环境变量还是该用户下的环境变量。全局环境变量请修改/etc/propfile，用户环境变量请修改~/.bash_profile

在上述文件末尾加入：

export JAVA_HOME=/usr/opt/java/jdkXXX

export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH

export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar

保存后执行source 你刚刚修改的文件

至此，配置完毕，请打开控制台输入javac命令验证。若出现响应则说明配置成功，若出现“不能识别的指令”则说明配置失败，请按照上文修改。

请问华硕A40的本能装Linux网卡驱动吗？

ethtool -a eth0 查看网卡 ethtool -A eth1 autoneg off rx off tx off 关闭网卡流控制 ethtool -K eth1 rx off tx off 关闭网卡效验 /etc/init.d/network restart 重新启动网卡 ifconfig 查看网卡属性 本帖最后由 xieoqm 于 2011-6-8 00:42 编辑 以下是方法解决。(命令可以复制到putty中执行) 删除更新的网卡驱动 rm -fr /lib/modules/$(uname -r)/updates/sk98lin.ko depmod -a #改网卡流控 echo -n 'for ethname in $(hintget vdisk_ethlist | tr '\'','\'' '\'' '\''); do echo $ethname; ethtool -A $ethname automeg off rx off tx off; ethtool -K $ethname rx off tx off; done' /etc/rc.local /etc/rc.local 重网络服务和我们的程序 /etc/init.d/network restart hh restart hv restart 如果还不行，reboot 重起无盘服务器

安装好了BT5和虚拟机，虚拟机也汉化了但是检测不到网卡。求大神解释。

如果你是USB外接网卡就在虚拟机中把网卡加载进来，详见附件教程！如果你是笔记本内置网卡你可以尝试如下操作，但是有可能网卡驱动不兼容。

虚拟机linux系统安装网卡驱动方法

1.将网卡驱动考入U盘。

2.在真机种运行services.msc。将VMware USB Arbitration Service服务开启。这样才能使linux系统读到U盘。

3.在linux系统下输入命令：mount /dev/sda1 /mnt   dev/sda1在这里是U盘设备名，根据自己实际情况输入。将U盘挂载到/mnt目录下。

4.cd /mnt

5.cp XX /  复制并移动网卡驱动到根目录。其中XX表示网卡驱动名。

6.tar -zxvf XX 解压网卡驱动

7.cd XX

8.cd src

9.make 编译

10.make install 安装

11.insmod XX 加载驱动

12.修改eth0信息

cd /etc/sysconfig/network-scripts;

cp ifcfg-lo ifcfg-eth0;

vi ifcfg-etho;

修改后保存退出。

13.这样网卡驱动就安装完成了。