如何利用R语言的ggplot包绘制火山图

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火山（Volcano Plot）图在一张图中显示了两个重要的指标（Fold change/pvalue），可以非常直观且合理地筛选出在两样本间发生差异表达的基因。检验分析出两样本间显著差异表达的基因后，以log2（fold change）为横坐标，以T检验显著性检验P值的负对数-log10（pvalue）为纵坐标，即可得火山图（Volcano Plot）。

> install.packages("ggplot2")

> library(ggplot2)

> R0_vs_R3_isoforms_fitter <- read_excel("~/Downloads/R0-vs-R3.isoforms.fitter.xlsx")

> data <- R0_vs_R3_isoforms_fitter

> r03 <-ggplot(data,aes(log2FC,-1*log10(FDR)))

> r03 + geom_point()

运行过程数据及图片：

改变点的颜色：

> r03 + geom_point(color="red")

> r03 + geom_point(aes(color="red"))

> r03 + geom_point(aes(color=significant))

设置标题，坐标轴范围

>r03+geom_point(aes(color=significant))+xlim(-4,4)+ylim(0,30)

>r03xy=r03+geom_point(aes(color=significant))+xlim(-4,4)+ylim(0,30)

> r03xy + labs(title="Volcano plot",x="log2(FC)")

> r03xy + labs(title="Volcanoplot",x=expression(log[2](FC),y=expression(-log[10](FDR))))

自定义颜色

> r03xy + labs(title="Volcanoplot",x=expression(log[2](FC),y=expression(-log[10](FDR))))

> r03xyc = r03xy+labs(title="Volcanoplot",x=expression(log[2](FC)), y=expression(-log[10](FDR)))

> r03xyc + scale_color_manual(values =c("green","black", "red"))

>r03xyc + scale_color_manual(values =c("green","blue", "red"))

> volcano = r03xyc +scale_color_manual(values = c("green","blue","red"))

>volcano+geom_hline(yintercept=1.3)+geom_vline(xintercept=c(-1,1))

>volcano+geom_hline(yintercept=1.3,linetype=4)+geom_vline(xintercept=c(-1,1),linetype=4)

保存图片:

>ggsave("volcano.png")

>ggsave("volcano8.png",volcano,width=8,height=8)

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