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lncRNA在生命活动中发挥重要作用,不仅在哺乳动物中广泛存在,在植物中也是存在的,目前植物中的lncRNA研究相对动物而言较少,只有水稻,杨树,苜蓿,棉花等几个物种有相关报导。
PlncRNADB是一个专注于分析植物中lncRNA的数据库,网址如下
http://bis.zju.edu.cn/PlncRNADB/index.php
整个数据库构建的流程分为三步,示意如下
从GEO数据库中采集物种对应的RNA_seq测序reads, 通过tophat+cufflinks的策略组装得到转录本序列;
首先去除长度小于200nt的转录本,然后过滤掉ORF长度大于120AA的转录本,最后通过CPAT
软件预测转录本的蛋白编码潜能,从而识别lncRNA转录本;
识别到lncRNA之后,通过catRAPID
在线服务预测lncRNA和蛋白之间的相互作用;
该数据库共包含了以下4个物种的lncRNA信息
Arabidopsis lyrata
Arabidopsis thaliana
Populus trichocarpa
Zea mays
以拟南芥为例,通过Noncoding RNAs
可以查看具体的lncRNA信息,示意如下
点击Entry
可以查看详细信息,包含了染色体定位,序列, 表达谱等数据,示意如下
通过导航栏的lncRNA
菜单,可以预测lncRNA,上传fasta格式的序列,然后选择对应的阈值即可,示意如下
通过导航栏的Network
菜单,可以查看lncRNA和蛋白质之间的相互作用,示意如下
点击Entry
可以查看可视化结果,示意如下
通过导航栏的SNP
菜单,可以查看位于lncRNA上的SNP位点,示意如下
这个数据库提供了一种研究植物中lncRNA的思路,其预测lncRNA序列和lncRNA-protein相互作用的方法值得借鉴。
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