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如何理解mirbase数据库,相信很多没有经验的人对此束手无策,为此本文总结了问题出现的原因和解决方法,通过这篇文章希望你能解决这个问题。
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miRbase 是由曼彻斯特大学的研究人员开发的一个在线的miRNA数据库,该数据库中收录了来自200多个物种,接近4万个miRNA的信息,是最全面的miRNA数据库,网址如下
http://www.mirbase.org/index.shtml
我们可以方便的检索和浏览该数据库中的信息,以human为例, 在Browse
菜单中,可以检索到hman的所有miRNA前体,示意如下
ID
代表miRNA前体的名字, Accesion
代表miRNA 前体的编号;RPM
为Reads perl million mapped的缩写,代表miRNA前体的表达量;Chromosome
, start,
end,
strand表示miRNA前体所在的染色体位置信息,
Confidence`表示可信度。
以hsa-let-7a-1
为例, 点击该链接可以查看详细信息,在详情页面,可以得到这个miRNA前体对应的基因,序列,茎环结构等信息
还可以看到这个miRNA前体产生的的两条成熟的miRNA序列和对应的靶标数据库,示意如下
miRNA靶标注释可以分成以下两大类
实验验证的靶标结果,对应的数据库如下
MIRTARBASE
TARBASE
软件预测的结果, 对应的数据库如下
DIANA-MICROT
MICRORNA.ORG
MIRDB
RNA22-HSA
TARGETMINER
该数据库是免费下载的,ftp地址如下
ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/
mirbase数据库还可以为新发现的miRNA指定名称,首选在线提交你的novel micoRNA 的序列,格式如下
然后会以邮件的形式,给你的新的miRNA 进行命名, 格式遵循miRNA命名的统一规范。
看完上述内容,你们掌握如何理解mirbase数据库的方法了吗?如果还想学到更多技能或想了解更多相关内容,欢迎关注创新互联行业资讯频道,感谢各位的阅读!
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