这期内容当中小编将会给大家带来有关如何使用R语言利用SSR数据构建进化树，文章内容丰富且以专业的角度为大家分析和叙述，阅读完这篇文章希望大家可以有所收获。
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今天有一位读者留言问有了SSR的数据，如何画树状图？
SSR的数据我也是第一次接触，我看了一下他发给我的数据，是csv格式，每行是一个样本，每列是一个位点。位点的取值是0，和1。这种格式好像叫做二进制的格式。就是下面这种
image.png第一列是样本名称，后面每一列是一个位点。
我搜索了一下相关教程，找到了一个。需要借助ape这个包，如果是第一次使用的话需要先安装
install.packages("ape")
后面进化树可视化还需要用到ggtree，如果是第一次使用也要安装
BiocManager::install("ggtree")
BiocManager第一次使用也得先安装
install.packages("BiocManager")
找到的教程的链接是 https://www.biostars.org/p/100432/
首先是读入数据df<-read.csv("SSR_example.csv",header=T,row.names = 1)
将数据框转化成矩阵ssr<-as.matrix(df)
NJ法构建进化树library(ape)
tree<-nj(dist.gene(ssr))
使用ggtree展示进化树library(ggtree)
ggtree(tree)+
geom_tiplab()+
xlim(0,6.5)
image.png 样本太多可以选择环形树展示ggtree(tree,layout="circular")+
geom_tiplab2(size=3)
image.png 去掉枝长看起来可能会好看一点ggtree(tree,layout="circular",branch.length = "none")+
geom_tiplab2(size=3)
image.png 遇到的问题
这位读者的数据过多，最后画树状图如果带上样本名字的效果如下
image.png这个图应该如何美化我还真没有思路。大家如果做过这种图欢迎留言讨论 如何美化会好看一点
我记得好像MEGA也可以利用这种二进制数据构建进化树了，但是一时想不起来如何做了。
上述就是小编为大家分享的如何使用R语言利用SSR数据构建进化树了，如果刚好有类似的疑惑，不妨参照上述分析进行理解。如果想知道更多相关知识，欢迎关注创新互联行业资讯频道。
网站标题：如何使用R语言利用SSR数据构建进化树
文章源于：
http://cdkjz.cn/article/gejpij.html
