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ONGene数据库有什么用

这篇文章主要介绍ONGene数据库有什么用,文中介绍的非常详细,具有一定的参考价值,感兴趣的小伙伴们一定要看完!

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OnGene是一个肿瘤基因的数据库,通过文献检索的方式获得了803个肿瘤基因

数据库网址如下

http://ongene.bioinfo-minzhao.org/index.html

数据库构建的pipeline如下图所示

ONGene数据库有什么用

首先在pubmed中用以下几个关键词进行检索

  1. oncogene

  2. oncogenic

  3. oncoprotein

  4. proto-oncogene

得到候选的17033篇文献,然后从long non-coding RNAoncogene两个关键词检索,得到435篇文献。另外又从oncomirdb和miRCancer数据库中得到肿瘤相关的miRNA。

对以上得到的文献进行人工核对,最终筛选得到了803个有文献支持的肿瘤基因,并对这些基因进行了以下几种数据分析

  1. 功能注释,提供了基因名称,参与的通路,相关疾病等注释信息

  2. 差异分析,利用TCGA中的表达谱数据,进行肿瘤和正常样本的差异分析

  3. 与lncRNA的共表达分析,利用MiTranscriptome数据库中的表达谱数据,分析肿瘤基因与lncRNA之间的共表达

  4. 突变信息注释,利用TCGA中的mutation信息进行注释

通过首页的browser菜单,可以浏览肿瘤基因的相关信息,以蛋白编码基因MYC为例,包含以下几个部分的结果

1.  Gene information

包含了基因名称,染色体位置,对应的pathway与疾病,序列等信息,示意如下

ONGene数据库有什么用

2. Literature

展示了该基因相关的文献和摘要信息,示意如下

ONGene数据库有什么用

3. Expression

展示该基因在样本中的表达量信息,示意如下

ONGene数据库有什么用

4. lncRNA

展示与该基因存在共表达的lncRNA信息,示意如下

ONGene数据库有什么用

5. Mutation

展示该基因上存在的mutation信息,示意如下

ONGene数据库有什么用

6. Homolog

展示其他物种中该基因的同源基因信息,示意如下

ONGene数据库有什么用

该数据库中的信息是可以免费下载的,链接如下

http://ongene.bioinfo-minzhao.org/download.html

ONGene数据库有什么用

对于肿瘤研究而言,该数据库非常值得参考,可以帮助我们快速的筛选候选的肿瘤基因。

以上是“ONGene数据库有什么用”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!希望分享的内容对大家有帮助,更多相关知识,欢迎关注创新互联行业资讯频道!


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