摘要:Linux指令常用结构 :Command [-option] [argument]
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Command:即是要运行的命令的本身,说白了就是一个程序;
Option:是选项(可选),选项是控制命令运行状态和行为的(可多个选项一起,如ls -al);
Argument:是参数(可选),是命令要操作对象如文件、路径、数据、目录等;
在指令的第一部分按[tab]键一下为[命令补全],两下为所有命令选择;
一、 Linux系统操作指令
1、开关机
2、查看系统信息
3、查看系统性能
4、查看磁盘指标
二、 Linux目录文件操作指令
1、目录文件
2、文件相关权限
3、文本处理
三、Linux用户权限操作指令
四、Linux压缩解压指令
五、Linux软件安装指令
Linux常用基本命令主要包括目录操作命令、文件操作命令、文件查看命令、磁盘管理命令、用户管理命令、系统管理命令等。
目录操作命令:cd、ls、mkdir、pwd、rmdir。
文件操作命令:cp、mv、touch、rm、grep、find、chmod、chown、chgrp、tar、split、gzip、tee、touch、unzip、zip、unrar、scp。
文件查看命令:cat、head、tail、more、nl、diff。
用户管理命令:useradd、usermod、userdel、passwd、su、groupadd、groupdel。
网络通信命令:netstat、route、ftp、sftp、ping、scp、telnet。
系统管理命令:who、uname、top、ps、kill、ifconfig、free、df、du、time、shutdown、reboot、man、last、halt、date、crontab、getconf。
磁盘管理命令:fdisk、mount、umount、sync。
在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令:
通过多敲键盘,形成手感 肌肉记忆 ,熟练掌握这些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍(主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记)
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来:
参数的用法介绍:
注意事项:
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 编辑文本 ,编辑文本要加 符号,退出时,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件,tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默认 10 行 (在R语言里head和tail默认是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q键
less命令重要的补充用法2 :
参数用法:
less命令 不加参数 查看文件:
less命令加 -N参数 查看文件:显示行号
less命令加 -S参数 查看文件:单行显示,非常规整
对比:less和cat命令显示文本行号的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看,按空格翻页,按回车换行 ,more命令一般很少用,熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去,但是别的命令不一定会把换行符算进去,。
常见参数:
切记:用less命令,按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前:
排列后:
解释:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时,因为制表符对齐的原因,出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样,所以 加上-n参数 , 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重,只有两行出现重复,而且是相邻的两行,如果不相邻,即使出现两行一模一样,不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之,uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯,原始数据不要轻易修改,修改的东西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上,将空格替换成制表符
补充小知识 :
清屏 :control L
查看历史(输入过的)命令 :history