区别：微信小店的功能比较少，只拥有基本的商城购物功能，没有营销功能，因而只适合不需要营销推广的个人开店；而小程序则是支持各种功能开发，可以开发商城小程序，也可以开发各种营销推广功能，能够满足商家的多功能需求，因而更具有实用性。
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微信小店，其实最早是由微信公众平台于2014年5月正式推出，目前只有开通微信支付的微信认证服务号可以申请，开通后可获得开店、管理货架、维护客户的简便模板。此举被认为是微信有序开放的一个标志，以及微信对电子商务的探索之一。不过，微信小店从推出到现在，尚没有大范围的推广宣传以及功能变化，微信方面也没有对外发布过关于微信小店的进展，一直比较低调。
而在2017年11月，微信小店迎来了一个重大的更新：“小店插件可以升级为小程序插件”，微信官方表示，为了帮助商家在微信内快速开店，方便商家和用户之间沟通，所有认证公众号，可快速创建微信小店小程序。不过，微信小店小程序的名称和微信公众号名称一样，系统会检测是否可用。根据小程序名称设置规范，小程序名称不得与公众平台已有的订阅号、服务号重复，如提示重名，需更换名称进行设置。小程序在正式发布前，有两次改名的机会，一旦发布后，将不可修改名称。
简单地来说，微信小店、微信小店小程序功能方面比较少，只拥有基本的商城购物功能，没有营销功能，因而只适合不需要营销推广的个人开店。而小程序则是支持各种功能开发，可以开发商城小程序，也可以开发各种营销推广功能，能够满足商家的多功能需求，因而更具有实用性。
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